06.02.20. Nature578, 7793, 39-40 ainsi que 6 articles de 82-135.
CANCER, GÉNOMIQUE, SCIENCE OUVERTE.
Le projet de génomique globale du cancer arrive à maturité.
Dans chaque cahier de ma revue favorite, je tombe sur au moins un article analysant un cancer particulier. Je n'y croche pas et passe au suivant.
Cette fois, ce n'est pas un article, mais 6 s'étalant sur 53 pages. Autant dire tout de suite que je n'ai pas tout lu, mais s'y arrêter un moment en a valu la peine. Il s'agit de l'œuvre du Consortium PCAWGC (Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes) qui a disséqué 2658 cancers « de toutes les formes, de toutes les tailles » pour les analyser par tous les bouts. Ici, je n'en retiens que deux points.
1) Le plus souvent, jusqu'ici, les travaux de génomique d'un cancer particulier consistaient à relever quelques mutations ponctuelles dans les parties codantes du génome et d'en analyser les effets. L'étude PCAWG porte sur tous les niveaux aussi bien dans les séquences codantes que non codantes. Elle décrit les mutations ponctuelles, comme aussi les changements par groupe, les déplacements de séquences, les inversions et même la duplication du génome. Elle révèle l'extraordinaire diversité génétique et fonctionnelle qu'implique le développement d'une tumeur. Pourquoi « extraordinaire » ? La réponse, il faut la chercher dans les fondements de la biologie évolutive. Un système vivant normal est forcément à peu près équilibré dans un état d'homéostasie. Chaque élément est là parce qu'il fonctionne dans le cadre global du système. Chaque mutation, chaque changement est, a priori, un dérangement malvenu et généralement abandonné. Un cancer est toute autre chose. Une cellule sort de l'écosystème. Elle ne joue pas le jeu. Elle abandonne toutes les règles, sauf l'une : que ça marche pour elle. C'est le triomphe de l'égoïsme conquérant. Les 6 articles présentés ici montrent ce qu'il se passe dans un génome quand une cellule se permet n'importe quoi.
Bref, il est montré ici que, si la vie d'une cellule est à peu près harmonieuse dans le contexte de son organisme global, le dérèglement qui se produit quand elle s'échappe dépasse ce que l'on avait imaginé jusqu'ici.
1) Le plus souvent, jusqu'ici, les travaux de génomique d'un cancer particulier consistaient à relever quelques mutations ponctuelles dans les parties codantes du génome et d'en analyser les effets. L'étude PCAWG porte sur tous les niveaux aussi bien dans les séquences codantes que non codantes. Elle décrit les mutations ponctuelles, comme aussi les changements par groupe, les déplacements de séquences, les inversions et même la duplication du génome. Elle révèle l'extraordinaire diversité génétique et fonctionnelle qu'implique le développement d'une tumeur. Pourquoi « extraordinaire » ? La réponse, il faut la chercher dans les fondements de la biologie évolutive. Un système vivant normal est forcément à peu près équilibré dans un état d'homéostasie. Chaque élément est là parce qu'il fonctionne dans le cadre global du système. Chaque mutation, chaque changement est, a priori, un dérangement malvenu et généralement abandonné. Un cancer est toute autre chose. Une cellule sort de l'écosystème. Elle ne joue pas le jeu. Elle abandonne toutes les règles, sauf l'une : que ça marche pour elle. C'est le triomphe de l'égoïsme conquérant. Les 6 articles présentés ici montrent ce qu'il se passe dans un génome quand une cellule se permet n'importe quoi.
Bref, il est montré ici que, si la vie d'une cellule est à peu près harmonieuse dans le contexte de son organisme global, le dérèglement qui se produit quand elle s'échappe dépasse ce que l'on avait imaginé jusqu'ici.
Je me prends alors à étendre ces pensées. Qu'en est-il des organismes en équilibre à peu près harmonieux dans leur milieu écologique total lorsque celui-ci se casse ? Eh oui, les effets de la crise actuelle de l'environnement sur les organismes qui constituent la vie risquent de nous surprendre encore plus que nous ne l'imaginons.
2) Le consortium est énorme, il implique 744 laboratoires avec des milliers de participants sur 4 continents. Ce n'est pas toute la science, mais c'est un gros morceau dans lequel se pratique une science ouverte exemplaire. La collaboration systémique qu'il a fallu organiser et pratiquer fait du projet un monument de la science ouverte.
2) Le consortium est énorme, il implique 744 laboratoires avec des milliers de participants sur 4 continents. Ce n'est pas toute la science, mais c'est un gros morceau dans lequel se pratique une science ouverte exemplaire. La collaboration systémique qu'il a fallu organiser et pratiquer fait du projet un monument de la science ouverte.
Cieslik, M., & Chinnaiyan, A. M. (2020). Global genomics project unravels cancer's complexity at unprecedented scale. Nature, 578(7793), 39-40. doi:10.1038/d41586-020-00213-2
Consortium, I. T. P.-C. A. o. W. G. (2020). Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature, 578(7793), 82-93. doi:10.1038/s41586-020-1969-6
23.02.20. Science.
COVID-19, CORONA VIRUS, SPICULE, CYO-ME.
La structure des spicules du coronavirus à 3.5Å de résolution.
